El intercambio de moleculas y sustancias entre la célula y el medio puede también ocurrir por medio de vesículas, mediante mecanismos denominados exocitosis y endocitosis. En ambos casos la membrana sufre modificaciones importantes.La endocitosis que es la ingestión de sustancias, presenta dos mecanismos:
a) Fagocitosis: es la ingestión de partículas sólidas y grandes como bacterias y nutrientes. Esto se logra mediante la invaginación de la membrana plasmática, formando una vesícula, que se separa de la membrana, constituyendo una vacuola de pequeñas dimensiones.
Pinocitosis: Es la ingestión de materiales disueltos, en pequeñas gotas de líquidos. Las vesículas formadas son pequeñas.